Octubre 12-21, 2023 (Jueves, Viernes y Sábados)
16:00 - 19:00 (J,V) y 9:00 - 13:00 (S)
Instructores: Daniel Chávez, Andrés Merino
Ayudantes Nicolás Tinoco, Gabriela Maldonado, Manuel Coba y Franco Cabrera
La manera como hacemos ciencia esta cambiando, nuestros datos son cada vez más grandes, los análisis más complejos, y los gobiernos e instituciones que financian nuestros estudios y el mismo método científico demanda trasparencia y responsabilidad en la investigación. Una manera de afrontar estos cambios radica en hacer que nuestra investigación se haga mas replicable, especialmente nuestros análisis computacionales — British Ecological Society, A Guide to Reproducible Code in Ecology and Evolution.
Software Carpentry tiene como objetivo ayudar a los investigadores a realizar su trabajo en menos tiempo y con menos dolor al enseñarles habilidades básicas de informática de investigación. Este taller práctico cubrirá los conceptos y herramientas básicos, incluidos el diseño del programa, el control de versiones, la gestión de datos y la automatización de tareas. Se alentará a los participantes a ayudarse mutuamente y aplicar lo que han aprendido a sus propios problemas de investigación.
Para más información sobre lo que enseñamos y por qué, por favor mira nuestra publicación "Best Practices for Scientific Computing".
Quién: El curso está dirigido a estudiantes de pregrado, posgrado y otros investigadores. No es necesario que tenga conocimiento previo de las herramientasque será presentado en el taller.
Cuándo: Octubre 12-21, 2023 (Jueves, Viernes y Sábados). Add to your Google Calendar.
Requerimientos: Las asistentes deben traer una computadora portátil con sistema operativo Mac, Linux o Windows (no tablet, Chromebook, etc.), que tenga permisos de administradora habilitados. Deben tener algunos paquetes de software específicos instalados (listados aquí). También es requerido que respeten el Software Carpentry's Código de Conducta.
Accesibilidad: Estamos comprometidas a hacer que este taller sea accesible para todas. Las organizadoras comprobaron que:
Los materiales se entregaran antes del taller, también se encuentra disponible material impreso si se pide a los organizadores con anticipación. Si podemos ayudar a facilitar el aprendizaje (por ejemplo, con intérpretes de lenguaje de señas) por favor contáctanos (utilizando los detalles de contacto listados debajo) e intentaremos proveerlos.
Contacto: Por favor escribe a dechavezv@puce.edu.ec para más información.
Encuestas
Por favor, asegúrese de completar estas encuestas antes y después del taller.
Utilizaremos este documento colaborativo para chatear, tomar notas y compartir URL y fragmentos de código.
| Antes_Del_Curso | Encuesta pre-taller |
| 15:00 | Instalacíon (Opcional) |
| 16:00 | FIN de Instalación |
| | |
| Curso Inicia Oficialmente: | |
| 16:00 | Automatización de tareas con la terminal de Unix |
| 17:30 | Break |
| 18:00 | Automatización de tareas con la terminal de Unix (Continúa) |
| 19:00 | Cierre |
| 16:00 | Automatización de tareas con la terminal de Unix (Continúa) |
| 17:30 | Break |
| 18:00 | R para análisis científicos reproducible |
| 19:00 | Cierre |
| 09:00 | R para análisis científicos reproducible (Continúa) |
| 10:30 | Break |
| 11:00 | R para análisis científicos reproducible(Continúa) |
| 13:00 | Cierre |
| 16:00 | Tutoría (5toPisoBiología-Oficinas): Herramientas, instalación y datos (Opcional) |
| 18:00 | Cierre |
| 16:00 | El control de versiones con Git |
| 17:30 | Break |
| 18:00 | Pseudocode para análisis de datos |
| 19:00 | Cierre |
| 16:00 | Creando scripts para análisis de datos |
| 17:30 | Break |
| 18:00 | Creando scripts para análisis de datos (Continúa) |
| 19:00 | Cierre |
| 09:00 | Mejoramiento de scripts para análisis de datos |
| 10:30 | Break |
| 11:00 | Mejoramiento de scripts para análisis de datos (Continúa) |
| 11:00 | Exposición de scripts |
| 13:00 | Cierre |
ggplotdplyr y plyradd, commit, ...status, diff, ...clone, pull, push, ...Para participar en un taller de Software Carpentry , necesitarás acceso a algunos de los programas descritos abajo. Además, necesitarás un navegador actualizado.
Mantenemos una lista de problemas comunes que ocurren durante la instalación como referencia para los instructores que pueden ser útiles en la Configuration Problems and Solutions wiki page.
Bash es una de las terminales más frecuentemente utilizadas, que te permite realizar tareas simples de forma rápida.
cmd y presionar [Enter])setx HOME "%USERPROFILE%"
SUCCESS: Specified value was saved.exit y presionando [Enter]Esto instalará tanto Git y Bash en el programa Git Bash.
La terminal por defecto en todas las versiones de macOS es Bash, así que no es necesario instalar nada. Puedes acceder a Bash desde la Terminal (se encuentra en
/Applications/Utilities).
Puedes ver el video tutorial de instalación de Git a modo de ejemplo de cómo abrir la Terminal.
Puede que quieras mantener la Terminal en tu dock para este taller.
La consola por defecto es generalmente Bash, pero si tu máquina está configurada de forma distinta puedes ejecutarla abriendo una terminal y escribiendo bash. No hay necesidad de instalar nada.
Git es un sistema de versión de control que permite hacer un seguimiento de quien hiso que cambios, donde y cuando, tiene la opción de actualizar fácilmente una versión publica o compartida de tu codigo en github.com. Vas a neesitar un navegador web soportado (actualmente Chrome, Firefox, Safari, o Internet Explorer 9 para arriba)
Vas a necesitar una cuenta en github.com para alguna partes de la lección de Git. Las cuentas basicas en GitHub son gratuitas. Te incentivamos a crear una cuenta en GitHub si todavia no tenes una. Por favor considera que información persional te gustaria hacer publica. Por ejemplo, por ahi te gustaria revisar algunas de estas instrucciones para mantener tu dirección de email privada escrita por GitHub.
Git deberia estar instalado en tu computadora como parte de tu instalacion de Bash (escrito mas abajo).
Para OS X 10.9 y superiores, instala Git para Mac
ejecutando el instalador mas reciente de "mavericks", podes descargarlo
de esta lista.
Después de instalar Git, no vas a ver nada en tu carpeta /Applications por que
Git es un programa de linea de comando.
Para versiónes mas antiguas de OS X (10.5-10.8)
Usa el instalador disponible
mas reciente de "snow-leopard".
Si Git no esta ya en tu maquina podes tratar de instalarlo a través
de los repositorios de tu distribución. Para Debian/Ubuntu ejecuta
sudo apt-get install git y para Fedora
sudo dnf install git
Si accidentalmente encuentras dificultades, prueba typing la tecla
escape, seguido por :q!(colon, olon, lower-case 'q',
exclamation mark),
...
Cuando estás escribiendo código, es bueno tener un editor de texto que sea
optimizado para escribir código, con características como automático
código de color de las palabras clave. El editor de texto predeterminado en macOS y
Linux usualmente se establece en Vim, que no es famoso por ser
intuitivo. Si accidentalmente te encuentras atascado en él, intenta
escribiendo la clave de escape, seguido de : q! (dos puntos, minúscula 'q',
signo de exclamación), luego presionando Volver para regresar al intérprete de comandos.
nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Para instalarlo, Descargas el Software Carpentry Instalador de Windowns y doble click en el archivo para correrlo. Esta instalación requiere una conexión a Internet.
Otros editores que puedes usar son Notepad++ or Sublime Text. Ten en cuenta que debes agregar tu directorio de instalación a la ruta del sistema. Por favor, Pídele a tu instructor que te ayude a hacer esto.
nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Mira la instalacion de Git video tutorial Para un ejemplo sobre como abrir nano. Debe estar preinstalado.
Otros editores que puedes usar son Text Wrangler or Sublime Text.
nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Para instalarlo,
Otros editores que puedes usar son Gedit, Kate or Sublime Text.
Python es un lenguaje popular para investigación, y excelente para programación de propósito general. Instalar todos sus paquetes de investigación individualmente puede ser un poco difícil, así que recomendamos Anaconda, un instalador "todo en uno".
Independientemente de cómo elijas instalarlo, por favor asegúrate de instalar alguna de las versiones de Python 3 (por ejemplo, 3.6).
Enseñaremos Python usando Jupyter notebook, un ambiente de programación que se ejecuta en un navegador web. Para que funcione necesitarás un navegador razonablemente actualizado. Las versiones actuales de los navegadores Chrome, Safari y Firefox están todas soportadas (no están soportados algunos navegadores antiguos, incluyendo Internet Explorer versión 9 y anteriores).
bash Anaconda3-presiona tab. El nombre del archivo que acabas de descargar debería aparecer Si no lo hace, muévete a la carpeta donde descargaste el archivo, por ejemplo:
cd DownloadsLuego, intenta nuevamente.
yes y
presiona enter para aceptar la licencia. Presiona enter para aceptar la
ruta por defecto de los archivos. Escribe yes y
presiona enter para agregar Anaconda detrás de tu PATH
(esto hace a la distribución de Anaconda el Python por defecto en nuestro sistema).
R es un lenguaje de programación especialmente poderoso para exploración de datos, visualización y análisis estadístico. Para trabajar con R, usamos RStudio.
Instala R descargando e instalando este archivo .exe desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio. Ten en cuenta que si tienes cuentas separadas de usuario y administrador, debes correr los instaladores como administrador (haz click derecho en el archivo .exe y selecciona "Ejecutar como administrador" en lugar de hacer doble click) De lo contrario pueden ocurrir problemas, por ejemplo, cuando instales paquetes de R.
Instala R descargando e instalando este archivo .pkg desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio.
Puedes descargar los archivos binarios para tu distribución
desde CRAN. O
puedes usar tu administrador de paquetes (por ejemplo: para Debian/Ubuntu
corre sudo apt-get install r-base y para Fedora corre
sudo dnf install R). Además, por favor instala el entorno de desarrollo integrado,
en inglés Integrated Development Environment (IDE)
RStudio.