Universidad Espíritu Santo

Octubre 17-18, 2022

9:00 am - 4:30 pm

Instructores: Daniel Chávez, Andrea Narváez

Ayudantes COMPLETAR

Información General

La manera como hacemos ciencia esta cambiando, nuestros datos son cada vez más grandes, los análisis más complejos, y los gobiernos e instituciones que financian nuestros estudios y el mismo método científico demanda trasparencia y responsabilidad en la investigación. Una manera de afrontar estos cambios radica en hacer que nuestra investigación se haga mas replicable, especialmente nuestros análisis computacionales — British Ecological Society, A Guide to Reproducible Code in Ecology and Evolution.

Software Carpentry tiene como objetivo ayudar a los investigadores a realizar su trabajo en menos tiempo y con menos dolor al enseñarles habilidades básicas de informática de investigación. Este taller práctico cubrirá los conceptos y herramientas básicos, incluidos el diseño del programa, el control de versiones, la gestión de datos y la automatización de tareas. Se alentará a los participantes a ayudarse mutuamente y aplicar lo que han aprendido a sus propios problemas de investigación.

Para más información sobre lo que enseñamos y por qué, por favor mira nuestra publicación "Best Practices for Scientific Computing".

Quién: El curso está dirigido a estudiantes de pregrado, posgrado y otros investigadores. No es necesario que tenga conocimiento previo de las herramientasque será presentado en el taller.

Dónde: Av. Samborondón 5, Samborondón 092301, Guayaquil, Ecuador. Obtener direcciones con: OpenStreetMap o Google Maps.

Cuándo: Octubre 17-18, 2022. Add to your Google Calendar.

Requerimientos: Las asistentes deben traer una computadora portátil con sistema operativo Mac, Linux o Windows (no tablet, Chromebook, etc.), que tenga permisos de administradora habilitados. Deben tener algunos paquetes de software específicos instalados (listados aquí). También es requerido que respeten el Software Carpentry's Código de Conducta.

Accesibilidad: Estamos comprometidas a hacer que este taller sea accesible para todas. Las organizadoras comprobaron que:

Los materiales se entregaran antes del taller, también se encuentra disponible material impreso si se pide a los organizadores con anticipación. Si podemos ayudar a facilitar el aprendizaje (por ejemplo, con intérpretes de lenguaje de señas, o instalaciones para lactancia) por favor contáctanos (utilizando los detalles de contacto listados debajo) e intentaremos proveerlos.

Contacto: Por favor escribe a dechavezv@g.ucla.edu para más información.


Cronograma

Encuestas

Por favor, asegúrese de completar estas encuestas antes y después del taller.

Encuesta pre-taller

Encuesta post-taller

Día 1

09:00 Automatización de tareas con la terminal de Unix
10:30 Café
11:00 Automatización de tareas con la terminal de Unix (Continua)
12:00 Almuerzo
13:00 R para análisis científicos reproducible, parte 1
14:30 Café
15:00 R para análisis científicos reproducible, parte 1 (Continua)
16:00 Cierre

Día 2

09:00 El control de versiones con Git
10:30 Café
11:00 El control de versiones con Git (Continua)
12:00 Almuerzo
13:00 R para análisis científicos reproducible, parte 2
14:30 Café
15:00 R para análisis científicos reproducible, parte 2 (Continua)
16:00 Cierre

Currícula

La Terminal de Unix

  • Archivos y directorios
  • History and tab completion
  • Tuberías y redirección
  • Looping sobre archivos
  • Crear y ejecutar scripts de terminal
  • Encontrar cosas
  • Referencia...

R para análisis científicos reproducibles

  • Gestión de proyectos con RStudio
  • Explorando Data Frames
  • Creando gráficas con ggplot
  • Creando y usando funciones
  • Manipulando dataframes con dplyr y plyr
  • Escribiendo buen software
  • Reference...

El control de versiones con Git

  • Creando un repositorio
  • Rastreando Cambios: add, commit, ...
  • Explorando el **History**: status, diff, ...
  • Ignorando cosas
  • Repositorios remotos en GitHub: clone, pull, push, ...
  • Trabajos en colaboración
  • Resolviendo conflictos
  • Conflictos
  • Licencia
  • Ejemplo de referencia o cita
  • Hospedaje
  • Usando Git desde RStudio
  • Referencia...

Configuración

Para participar en un taller de Software Carpentry , necesitarás acceso a algunos de los programas descritos abajo. Además, necesitarás un navegador actualizado.

Mantenemos una lista de problemas comunes que ocurren durante la instalación como referencia para los instructores que pueden ser útiles en la Configuration Problems and Solutions wiki page.

La terminal Bash

Bash es una de las terminales más frecuentemente utilizadas, que te permite realizar tareas simples de forma rápida.

Windows

Video Tutorial
  1. Descarga el instalador de Git para Windows.
  2. Ejecuta el instalador y sigue los siguientes pasos:
    1. Click en "Siguiente".
    2. Click en "Siguiente".
    3. Dejar seleccionado "Utilizar Git desde la Línea de Comando de Windows" y click en "Siguiente". Si olvidaste hacer esto, los programas que necesitas para el taller no funcionarán correctamente. Si esto sucede vuelve a ejecutar el instalador y selecciona la opción adecuada.
    4. Click en "Siguiente".
    5. Deja seleccionado "Deshabilitar estilo Windows, confirmar estilo Unix para los finales de líneas" y click en "Siguiente".
    6. Dejar seleccionado "Utilizar ventana de consola de Windows por defecto" y click en "Next".
    7. Click en "Instalar".
    8. Click en "Finalizar".
  3. Si tu variable de entorno "HOME" no está configurada (o si no sabes qué es esto):
    1. Abre una terminal (Abrir Menú Inicio y escribir cmd y presionar [Enter])
    2. Estcribe la siguiente línea en la ventana de la terminal exactamente como sigue:

      setx HOME "%USERPROFILE%"

    3. Presiona [Enter], deberías ver SUCCESS: Specified value was saved.
    4. Sal de la terminal escribiendo exit y presionando [Enter]

Esto instalará tanto Git y Bash en el programa Git Bash.

macOS

La terminal por defecto en todas las versiones de macOS es Bash, así que no es necesario instalar nada. Puedes acceder a Bash desde la Terminal (se encuentra en /Applications/Utilities). Puedes ver el video tutorial de instalación de Git a modo de ejemplo de cómo abrir la Terminal. Puede que quieras mantener la Terminal en tu dock para este taller.

Linux

La consola por defecto es generalmente Bash, pero si tu máquina está configurada de forma distinta puedes ejecutarla abriendo una terminal y escribiendo bash. No hay necesidad de instalar nada.

Git

Git es un sistema de versión de control que permite hacer un seguimiento de quien hiso que cambios, donde y cuando, tiene la opción de actualizar fácilmente una versión publica o compartida de tu codigo en github.com. Vas a neesitar un navegador web soportado (actualmente Chrome, Firefox, Safari, o Internet Explorer 9 para arriba)

Vas a necesitar una cuenta en github.com para alguna partes de la lección de Git. Las cuentas basicas en GitHub son gratuitas. Te incentivamos a crear una cuenta en GitHub si todavia no tenes una. Por favor considera que información persional te gustaria hacer publica. Por ejemplo, por ahi te gustaria revisar algunas de estas instrucciones para mantener tu dirección de email privada escrita por GitHub.

Windows

Git deberia estar instalado en tu computadora como parte de tu instalacion de Bash (escrito mas abajo).

macOS

Video Tutorial

Para OS X 10.9 y superiores, instala Git para Mac ejecutando el instalador mas reciente de "mavericks", podes descargarlo de esta lista. Después de instalar Git, no vas a ver nada en tu carpeta /Applications por que Git es un programa de linea de comando. Para versiónes mas antiguas de OS X (10.5-10.8) Usa el instalador disponible mas reciente de "snow-leopard".

Linux

Si Git no esta ya en tu maquina podes tratar de instalarlo a través de los repositorios de tu distribución. Para Debian/Ubuntu ejecuta sudo apt-get install git y para Fedora sudo dnf install git

Text Editor

Si accidentalmente encuentras dificultades, prueba typing la tecla escape, seguido por :q!(colon, olon, lower-case 'q', exclamation mark), ... Cuando estás escribiendo código, es bueno tener un editor de texto que sea optimizado para escribir código, con características como automático código de color de las palabras clave. El editor de texto predeterminado en macOS y Linux usualmente se establece en Vim, que no es famoso por ser intuitivo. Si accidentalmente te encuentras atascado en él, intenta escribiendo la clave de escape, seguido de : q! (dos puntos, minúscula 'q', signo de exclamación), luego presionando Volver para regresar al intérprete de comandos.

Windows

Video Tutorial

nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Para instalarlo, Descargas el Software Carpentry Instalador de Windowns y doble click en el archivo para correrlo. Esta instalación requiere una conexión a Internet.

Otros editores que puedes usar son Notepad++ or Sublime Text. Ten en cuenta que debes agregar tu directorio de instalación a la ruta del sistema. Por favor, Pídele a tu instructor que te ayude a hacer esto.

macOS

nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Mira la instalacion de Git video tutorial Para un ejemplo sobre como abrir nano. Debe estar preinstalado.

Otros editores que puedes usar son Text Wrangler or Sublime Text.

Linux

nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Para instalarlo,

Otros editores que puedes usar son Gedit, Kate or Sublime Text.

Python

Python es un lenguaje popular para investigación, y excelente para programación de propósito general. Instalar todos sus paquetes de investigación individualmente puede ser un poco difícil, así que recomendamos Anaconda, un instalador "todo en uno".

Independientemente de cómo elijas instalarlo, por favor asegúrate de instalar alguna de las versiones de Python 3 (por ejemplo, 3.6).

Enseñaremos Python usando Jupyter notebook, un ambiente de programación que se ejecuta en un navegador web. Para que funcione necesitarás un navegador razonablemente actualizado. Las versiones actuales de los navegadores Chrome, Safari y Firefox están todas soportadas (no están soportados algunos navegadores antiguos, incluyendo Internet Explorer versión 9 y anteriores).

Windows

Video Tutorial
  1. Ingresa a https://www.anaconda.com/download/#windows con tu navegador web.
  2. Descarga el instalador de Python 3 para Windows
  3. Instala Python 3 usando todas las opciones por defecto, salvo la que dice Hacer Anaconda la instalación por defecto de Python, asegúrate de tildarla

macOS

Video Tutorial
  1. Ingresa a https://www.anaconda.com/download/#macos con tu navegador web.
  2. Descarga el instalador de Python 3 para OS X.
  3. Instala Python 3 usando todas las opciones por defecto.

Linux

  1. Ingresa a https://www.anaconda.com/download/#linux con tu navegador web.
  2. Descarga el instalador de Python 3 para Linux.
    (La instalación requiere el uso de la terminal. Si no te sientes cómoda haciendo la instalación por tu cuenta, detente aquí y pide ayuda en el taller)
  3. Abre una terminal.
  4. Escribe
    bash Anaconda3-
    presiona tab. El nombre del archivo que acabas de descargar debería aparecer Si no lo hace, muévete a la carpeta donde descargaste el archivo, por ejemplo:
    cd Downloads
    Luego, intenta nuevamente.
  5. Presiona Enter. Deberás seguir las instrucciones en la línea de comandos. Para moverte por el texto, presiona la tecla de espacio. Escribe yes y presiona enter para aceptar la licencia. Presiona enter para aceptar la ruta por defecto de los archivos. Escribe yes y presiona enter para agregar Anaconda detrás de tu PATH (esto hace a la distribución de Anaconda el Python por defecto en nuestro sistema).
  6. Cierra la terminal.

R

R es un lenguaje de programación especialmente poderoso para exploración de datos, visualización y análisis estadístico. Para trabajar con R, usamos RStudio.

Windows

Video Tutorial en inglés

Instala R descargando e instalando este archivo .exe desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio. Ten en cuenta que si tienes cuentas separadas de usuario y administrador, debes correr los instaladores como administrador (haz click derecho en el archivo .exe y selecciona "Ejecutar como administrador" en lugar de hacer doble click) De lo contrario pueden ocurrir problemas, por ejemplo, cuando instales paquetes de R.

macOS

Video Tutorial en inglés

Instala R descargando e instalando este archivo .pkg desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio.

Linux

Puedes descargar los archivos binarios para tu distribución desde CRAN. O puedes usar tu administrador de paquetes (por ejemplo: para Debian/Ubuntu corre sudo apt-get install r-base y para Fedora corre sudo dnf install R). Además, por favor instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio.